La Agencia Catalana del Agua, como Organismo de Cuenca, dispone de un Registro de Aguas, formado por 3 secciones (A, B, C), tiene una estructura informática de datos y un libro de inscripciones (fichas de inscripciones). En él se inscriben de oficio las concesiones de aguas, cambios de titularidad o modificaciones de las características de las concesiones, contratos de cesión, la legalización de aprovechamientos con un caudal no superior a 7.000 m3 / año y los aprovechamientos de aguas privadas (disposiciones transitorias de la Ley de Aguas). Dado que el Registro de Aguas tiene carácter público, y la inscripción registral es el medio de prueba de la existencia y situación de la concesión, cualquier persona puede solicitar certificación sobre los derechos de aprovechamiento de aguas inscritos ante el agencia Catalana del Agua. Los titulares de derechos de aprovechamiento de aguas inscritos gozan de protección administrativa.